A microbiota intestinal também é influenciada por fatores endógenos e exógenos, desde o tipo de parto realizado, amamentação, remédios, até mesmo como o estilo de vida, dieta, idade, sexo, gênero, ambiente de convívio, e outros, que fazem com que cada indivíduo tenha uma composição única de microorganismos em seu trato gastrointestinal.
Recentes investigações demonstram que esses micróbios desempenham um papel significativo na manutenção da homeostase corporal do hospedeiro através de seu metabolismo, quais participam da modulação do sistema imunológico, do processo digestivo, produção de energia e armazenamento de substâncias indigestas no tecido adiposo, o que predispõe um indivíduo à obesidade. A colonização da microbiota humana é composta por filos como Actinobacteria, Proteobacteria, Verrucomicrobia e ainda, Bacteroidetes e Firmicutes que somam com 90% do total de espécies bacterianas. Em indivíduos saudáveis encontra-se uma proporção maior de Bacteroidetes para Firmicutes, enquanto em obesos a razão é inversa.
A relação entre a suplementação de probióticos e melhora nos quadros de obesidade, pode estar associado à capacidade de remodelar o metabolismo energético, alterações na expressão dos genes, perfil lipídico, permeabilidade intestinal e principalmente, pela modificação na composição da microbiota intestinal em si, aumentando concentrações de Bifidobacterium, Lactobacillus, Proteobactérias e Bacteroidetes, e reduzindo Firmicutes, Clostridium e Actinobactérias.
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